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生物發(fā)酵罐在使用中，有的微生物對滅菌的要求較高，如食品企業(yè)等，需要用高壓蒸汽滅菌，如抗生素生產(chǎn)；有些則較低，熱水消毒即可，如酒精發(fā)酵。

生物發(fā)酵罐的結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜，對于內(nèi)部的邊邊角角不容易消毒，一般的發(fā)酵罐有自動清洗裝置，清洗完之后*

在培養(yǎng)基滅菌之前，通常應(yīng)先將與罐相連的分空氣過濾器用蒸汽滅菌并用空氣吹干。實罐滅菌時，先將輸料管路內(nèi)的污水放掉沖凈，然后將配制好的培養(yǎng)基泵送至發(fā)酵罐（種子罐或料罐）內(nèi)，同時開動攪拌器進行滅菌。

無論與罐連通的管路如何配制，在實行消毒時均應(yīng)遵循“不進則出”的原則。